一、总部设办公室（督查室）、党群工作部（党委统战部）、纪委办公室、人力资源部、计划财务部（资产管理办公室）、审计法务部、企业管理部、安全监察室、投资开发中心、运输营销中心、工程养护中心、研发中心等12个职能部室，下设轨道交通集团铁路质量监督站、轨道交通集团调度所等2个直属机构。

二、现有13家权属单位，其中铁路运输单位4家，分别是益羊铁路管理处、岚山管理处、大莱龙铁路公司、寿平铁路公司；产品制造单位4家，分别是高速铁建装备公司、交通装备公司、新材料科技公司、新型建材公司；资源开发单位2家，分别是鲁铁实业公司、瑞源物流公司；项目建设单位2家，分别是临港轨道公司、大莱龙铁路改建办；工程施工单位鲁道工程公司（济南工程分公司）。